Pada 2017, Lilipaly kemudian memutuskan hijrah ke SC Cambuur. Ketika itu, Stefano Lilipaly sempat tampil sebanyak 17 kali dengan torehan delapan gol.
Stefano Lilipaly kemudian bergabung dengan Bali United pada pertengahan 2017.
Dua tahun sebelumnya, Fano sebenarnya sudah bergabung dengan Persija Jakarta. Namun, Fano belum sempat membela Persija karena kompetisi ketika itu keburu dihentikan.
Pada 12 Agustus 2017, Bali United membuat kejutan dengan mendatangkan Stefano Lilipaly. Kabarnya, ketika itu Fano ditebus dengan biaya Rp14 miliar.
Stefano Lilipaly ketika itu tampil sebanyak 15 kali dan berhasil mengantarkan Bali United menjadi runner-up Liga 1 2017. Lilipaly juga sukses mencetak empat gol.
Pada 2019, bisa dikatakan menjadi musim terbaik buat Lilipaly. Pemain naturalisasi itu berhasil membantu Bali United menjadi kampiun Liga 1 2019 berkat sumbangan lima gol dalam 30 penampilan.***