Gus Dur dilengserkan dari jabatannya sebagai presiden karena adanya keterlibatan dalam dugaan kasus Buloggate dan Bruneigate.
Usai pelengseran tersebut, MPR kemudian melantik Megawati Soekarnoputri sebagai presiden ke-5.
Megawati Soekarnoputri menjabat sebagai presiden sejak 23 Juli 2001 hingga 20 Oktober 2004.***