Baca Juga: Menag Gus Yaqut Resmi Melarang Santri di Seluruh Indonesia untuk Melakukan Mudik Lebaran 2021
Selanjutnya, pada tahun 1998, ia memperoleh gelar doktor pada universitas yang sama.
Setelah menyelesaikan pendidikan tingginya, Laksana Tri Handoko menjadi peneliti di lembaga-lembaga penelitian dunia seperti The Abdus Salam International Center for Theoretical Physics ICTP di Trieste, Italia, kemudian di Deutsches Elektronen-Synchroton di Hamburg, Jerman, serta Department of Physics di Yonsei University, Korea Selatan.
Ia kemudian menjadi Kepala Grup Fisika Teori dan Komputasi Pusat Penelitian Fisika LIPI tahun 2002-2012, dan pada 2012-2014, menjabat sebagai Kepala Pusat Penelitian Informatika LIPI sebelum menjadi Kepala LIPI.***